Las aves acuáticas son un grupo de aves especializadas para vivir en hábitats donde el agua es la estructura principal del ecosistema, por ejemplo: ríos, lagos, ambientes ribereños, pantanos, charcas, manglares y otros, ya sean de agua dulce, salada o zonas de transición. 

Esta gama de hábitats se conoce con el nombre de humedales, y se encuentran entre los ecosistemas biológicamente más productivos del mundo. Los humedales reúnen condiciones que favorecen el desarrollo de organismos que conforman la base de la cadena trófica, que va desde microorganismos hasta infinidad de vertebrados, entre ellos las aves.  

Las aves acuáticas dependen de los humedales y están adaptadas para nadar, bucear, algunas tienen picos de formas especiales, patas largas o palmeadas, se desplazan, alimentan, reproducen y viven en este medio. Los lagos Alhajuela y Gatún están incluidos en el Inventario de los Humedales Continentales y Costeros de Panamá (2010), también aparecen listados en el Directorio de Áreas Importantes para Aves en Panamá (Angehr, 2003).  

La avifauna de estos lagos se caracteriza por ser variada y dinámica; existen diversas especies propias de este rico biotopo lacustre, cada una ocupa un nicho y poseen un gran valor ecológico.  

La imponente garza azul (Ardea herodias) es uno de los habitantes más peculiares de los humedales canaleros. Verla volar es un espectáculo. Tiene patas largas, es grande y robusta, su cuerpo puede llegar hasta 1.3 metros de altura. Se alimenta de peces y crustáceos principalmente, pero también, de ranas, lagartijas, culebras y algunos insectos.

En las riberas, grupos de garzas y otras aves se dedican a buscar alimento, principalmente, insectos, crustáceos, peces, caracoles, anfibios y otros animalitos. En este grupo, vemos a la izquierda una esbelta garza blanca (Ardea alba), especie abundante, bastante grande hasta un metro de altura, de plumaje blanco y pico amarillo, suele acercarse a las áreas de operación del Canal y se adapta muy bien a sitios intervenidos por el hombre. Al centro de la foto, una versión más pequeña, es otra especie de garza más compacta llamada garceta nívea (Egretta thula). Al extremo derecho, comparten el agua del Canal con un ibis blanco de rostro y patas rojas (Eudocimus albus). Los ibis suelen andar en grupos con la cabeza baja revisando el agua y agitando el lodo con sus picos, lo mueven de lado a lado en busca de alimento utilizando el tacto. Estas tres especies y otras más conviven en hábitats de marismas fangosas poco profundas, manglares, y otras zonas de suelos saturados en el atlántico y el pacífico.

La aninga americana (Anhinga anhinga) es un ave muy activa en el agua. Tiene cuello largo y patas cortas palmeadas, parecida al paticuervo. Es excelente nadadora; se especializa en atrapar peces con su pico buceando en las aguas del lago Gatún, donde se posa sobre los troncos que emergen del agua.

El pelícano pardo (Pelecanus occidentalis) está muy presente en el Canal. Es un clavadista; se posa cerca del agua, a veces en las estructuras de las esclusas, en una boya o en algún poste. Espera pacientemente examinando el agua después de los esclusajes, y con su enorme pico dotado de una atarraya natural, recoge los peces con poca dificultad.

Hacia las áreas menos agitadas, otro grupito de aves acuáticas se encarga de buscar alimento cerca de las esclusas de Cocolí, sitio favorecido con una rica fauna silvestre. Su día transcurre entre la vegetación acuática flotante asociada, donde aterrizan, se alimentan, reproducen y anidan. Entre ellas, están la colorida gallareta morada (Porphyrio martinicus), de brillante plumaje azul morado con reflejos turquesa y verdosos, y largas patas amarillas. Construye un nido flotante donde pone de cinco a diez huevitos rosados con manchas púrpura. Camina con destreza sobre el follaje de lirios acuáticos y se alimenta de bichitos, peces, ranas, lombrices, caracoles y material vegetal. También, abunda en el lago Gatún.

La conspicua y ruidosa jacana carunculada (Jacana jacana) es habitual en el río Chagres, y los lagos Gatún y Alhajuela. Su cuerpo es negro, pero cuando vuela exhibe sus alas amarillas. Tiene pico amarillo y algo de rojo en su rostro. Sus patas y dedos son tan largos que le permiten caminar sobre las lechugas de agua, salvinias y jacintos de agua en busca de bichitos.

La riqueza en la diversidad de la avifauna es un factor relevante alineado con la meta: Vida de Ecosistemas Terrestres de los Objetivos de Desarrollo Sostenible. Los humedales a lo largo de la vía interoceánica, incluyendo zonas lacustres, pantanosas, ribereñas o costeras adyacentes en ambos océanos, son sitios de importancia vital como hábitat de aves acuáticas. Allí interaccionan y encuentran factores ambientales necesarios para su supervivencia: refugio, alimento, zonas de reproducción y estaciones de descanso, tanto para aves residentes como migratorias durante su paso por el istmo.  

A pesar de que la superficie de los humedales representa un pequeñito porcentaje de la superficie de la biósfera, su flora también fija el dióxido de carbono que se transforma en carbono orgánico, en vez de liberarse a la atmósfera en forma gaseosa, contribuyendo así a la mitigación y adaptación al cambio climático. La preservación de los humedales es de alta prioridad, no solo por el valioso recurso agua, también por ser sitios en extremo importantes para la conservación de la biodiversidad, así como para garantizar el ciclo de vida de las especies y los invaluables ecosistemas acuáticos de la vía interoceánica.